雾灵山自然保护区共区划出三个区域:核心区、缓冲区、实验区。
1、核心区, 面积41平方公里,占总面积的28.9%。属天然林区,主要植被有阔叶林、针叶林、针阔混交林、草甸,是保护植物分布较集中的区域,是被保护动物的重要栖息地。
2、缓冲区,面积25平方公里,占总面积的17.6%。以天然阔叶林为主,分布少量人工林。
3、实验区, 面积76平方公里,占总面积的53.5%。以天然阔叶林为主,大部分人工油松、落叶松林分布在该区。