依照《中华人民共和国自然保护区管理条例》，雾灵山保护区管理机构为县处级管理局，隶属河北省林业局直接领导，实行管理局——管理区——管理站三级管理体系。管理局下设行政办公室、计划财务科、宣传教育科、资源管理科、多种经营科、基础建设科、公安分局、防火办、科研所、党委办公室10个科室、东梅寺管理区、大沟管理区2个管理区。管理区下设14个管理站。公安分局下设东梅寺派出所和大沟派出所；防火办下设防火指挥中心和视频监控站。