黑鹳（Ciconia nigra）是国家Ⅰ级保护动物，作为国家珍稀鸟类，黑鹳在保护区的频繁活动受到管理局领导的高度重视，相关研究和保护工作刻不容缓。

目前在湿地一次性最多观察到22只黑鹳。为了进一步研究黑鹳的习性，保护区向国家林业局申请为小五台黑鹳佩戴GPS追踪器。这是一种研究鸟类的最新方法，即通过观察黑鹳的日常活动踪迹，配合活动日期，得知黑鹳的各种行为信息，如求偶、交配以及孵化幼鸟等。这种研究方法的优势是，能够全天候的获知黑鹳的动向，不必过度抵近观察黑鹳，影响黑鹳日常生存。这一研究方法必将极大的促进保护区的黑鹳研究。2017年9月16日, 在获得国家林业局许可后，保护区与北京师范大学赵欣如教授团队合作，成功为黑鹳佩戴了GPS微型追踪器。

为黑鹳佩戴GPS追踪器的过程是十分艰辛的。黑鹳是一种善飞且警觉性相当高的鸟类，它生存的区域必定是人迹罕至、不易察觉的区域。人离黑鹳50米开外，黑鹳就会惊飞。通过长期对黑鹳觅食行为的观察，总结出黑鹳在湿地经常觅食的区域，再选择易于捕捉的区域投喂黑鹳。投喂时间选择在黑鹳觅食完毕，离开觅食区域的时间，这段时间一般在下午。当黑鹳集中在这一小区域稳定觅食以后，在该区域架设捕网。捕网不是一次性架设完成，要分开步骤。这样做的目的是让黑鹳渐渐熟悉不断变化的周围环境。先搭框架，投喂黑鹳，当黑鹳依然在此处觅食，再装机关，最后挂网。

通过追踪黑鹳活动踪迹发现，黑鹳成鸟除哺育幼鸟以外，不返回山中鸟巢；当幼鸟初步学会飞行后，带领幼鸟在湿地觅食，并一直伴随幼鸟。