小五台山自然保护区于1983年11月批准建立,2002年7月晋升为国家级自然保护区,属森林和野生动物类型的自然保护区，主要保护对象是天然针阔混交林、亚高山灌丛、草甸和国家重点保护动植物，其中国家一级保护动物褐马鸡，金钱豹等。
    保护区经过数几十年的建设、保护、发展，保护区科普和宣教功能得到了大大的提升，从最初的1989年的标本室逐步发展为现在的智能化、现代化的自然博物馆。小五台保护区本身就是一座天然的博物馆，展品本天成，天然去雕饰，为了适应新时期变化，满足不同客体的需求，充分发挥博物馆保护和展示文化与自然遗产、开展社会教育的功能，本馆在大量收集整理小五台山区自然历史和文化的实物、标本、图片、文字材料和影像资料的基础上，运用科学和艺术的手段，真实地反映小五台山以及周边地区自然历史和现状,地质地貌、森林和珍稀濒危动植物资源以及生物多样性保护等方面的内容，从而增加公众对自然的热爱和反思的理念，最终转化为保护生态环境的实际行动，为构建生态文明、构建人与自然和谐的社会发挥应有的作用。
    博物馆于2012年6月16日精心筹建正式建成开馆，博物馆总使用面积1377m2，设有蜘蛛厅、昆虫厅、地质厅、动物厅、植物厅、3D（4D）厅六个展厅，另设商品部、地质标本室、昆虫标本室、动物标本室、植物标本室、公共卫生间等其它配套设施，
    博物馆各类藏品共计19770份，现展出200份，其中，展版33块，标本167份（动物标本30份，植物标本100份，矿石标本30份，化石7份）。
    自然博物馆的建成，在保护区科研宣教工作中的发挥了独特作用，有效地提升了保护区建设、管理、保护水平，其现实意义不仅成为当地重要的生物多样性保护、自然教育工作的场所，而且成为保护区对外宣传和科学文化交流的主阵地。